Die Geo-Energie Suisse AG arbeitet intensiv mit verschiedenen nationalen, aber auch internationalen Forschungseinrichtungen zusammen. Besonders eng ist die Kooperation mit dem von Innosuisse gegründeten Schweizer Kompetenzzentrum für Energieforschung – Elektrizitätsbereitstellung, kurz SCCER-SoE (engl. „Swiss Competence Center for Energy Research – Supply of Electricity“). Dessen Ziel ist es, die Energiewende wissenschaftlich zu begleiten und zu unterstützen. Daran beteiligt sind die ETH, verschiedene Universitäten und andere Forschungszentren. Ein wesentlicher Bestandteil des SCCER-SoE sind u.a. die Arbeiten im Felslabor Grimsel. 2016 wurden dort Experimente im Bereich der In-situ-Stimulation und -Zirkulation durchgeführt. Die Geo-Energie Suisse AG ist als Industriepartner in die Arbeiten involviert. Ein weiteres Felslabor im Bedretto-Tal ist in Vorbereitung.
Im Rahmen nationaler und internationaler Projekte arbeitet die Geo-Energie Suisse AG mit namhaften im Bereich Tiefengeothermie aktiven Unternehmen und Forschungseinrichtungen zusammen. Diese Kooperationen ermöglichen einen effizienten, weltweiten Erfahrungsaustausch und Wissenstransfer.
Die Geo-Energie Suisse AG ist Vorstandsmitglied bei Geothermie-Schweiz und leitet die internationale Arbeitsgruppe zur "Erzeugung und Verbesserung von geothermischen Reservoiren im Untergrund" ( engl. „Reservoir Creation and Enhancement“) der IEA Geothermal. Des Weiteren sitzt der Geschäftsführer der Geo-Energie Suisse AG, Dr. Peter Meier, dem Informationskomitee der Internationalen Geothermischen Vereinigung vor (engl. „International Geothermal Association IGA“).